明成化元年（1465），复置邻水县，属顺庆府（今南充市）广安州所辖，二年（1466），在今鼎屏镇建县治。
公元1644年，张献忠在成都称帝，定国号为大西。1646年，清灭大西政权。顺治十七年（1660）邻水县属川北道顺庆府。
民国元年（1912），废川北道，邻水县属顺庆府。民国2年（1913），恢复川北道，邻水县属川北道顺庆府。民国3年（1914），邻水县属嘉陵道（今阆中）。1935年，川政统一，邻水县属四川省第十行政督察区（今大竹）。
1949年12月，成立邻水县人民政府，属川东行署区的大竹专区。1953年3月，大竹专区撤销，邻水县改属川北行署区的达县专区（1968年改称地区）。1993年7月，邻水县属广安地区。1998年，广安撤地设市，邻水县属广安。
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